Михаил Иванович Янковский родился в Польше, в дворянской семье. Детство провел в фамильном имении под Тыкоцином Августовской губернии. Во время учебы на агрономическом факультете Горы-Горецкой земледельческой школы он вместе с другими студентами принял участие в польском восстании 1863 г., за что был осужден на каторгу в Восточной Сибири, через пять лет Михаил Иванович Янковский получил право на вольное поселение. В 1872 году, по приглашению зоолога Бенедикта Дыбовского, отправляется на Дальний Восток в составе небольшой научной экспедиции, продолжавшейся до 1874 года. После этого путешествия Михаил Иванович поселился в Приморье, на о-ве Аскольд, где он жил и работал управляющим прииска в 1874–1879 гг. там он вел хозяйственную деятельность, борьбу с браконьерами и хунхузами, в 1877 г. на острове установил станцию наблюдения за погодой. В том же году он женится на Ольге Кузнецовой, и вскоре у него родились дети – Юрий и Елизавета.
Круг научных интересов М.И. Янковского широк: геология, археология, зоология, ботаника, метеорология и другие естественные науки.
Он занимался археологическими раскопками, проводил исследования, результаты которых публиковались в изданиях Рус­ского географического общества.
В 1879 году Янковскому возвращают права дворянина, и он приобретает землю на полуострове Сидеми в Амурском заливе, где строит свое имение, дом-крепость, в который в 1880 г. переселяется вместе с семьей.
Янковский берется за разведение пятнистого оленя, организует крупный оленепарк, став основоположником новой отрасли в сельском хозяйстве.
Там же, в Сидеми, Янковский основал первую в России и в мире плантацию — женьшеня.
В семье с почтением относились к образованию. В имении устраивались вечера и балы, ставились пьесы. В гостях у Янковских бывали известные чиновники, предприниматели Приморья. Двери всегда были открытыми для ученых и исследователей.
Росла семья Янковских: один за другим на свет появились дочь Анна (1882), сыновья Иван (Ян) (1884), Сергей и Павел (1890).
В числе соратников по Обществу изучения Амурского края, членом которого М.И. Янковский стал в 1884 г., была заложена основа всей дальневосточной археологии. Открытая Янковским археологическая культура южного Приморья с 1972 года также носит его имя.
В 1906 году Михаил Иванович уехал во Владивосток осваивать новые виды бизнеса: начал книготорговлю, участвовал в кожевенном предприятии фирмы “Жуклевич, Янковский и Ко”.
В 1909 году Михаил Янковский перенес тяжелое воспаление легких и по совету врачей переехал сначала в Семипалатинск, а затем в Сочи, но каждую осень приезжал в Сидеми.
10 октября 1912 г. Михаил Иванович Янковский скончался в Сочи в возрасте 70 лет.