Михаил Николаев родился 13 ноября 1937 года в Октёмском наслеге Орджоникидзевского района Якутской АССР.

Трудовую деятельность начал в 1961 году после окончания Омского государственного ветеринарного института в качестве ветеринарного врача в Жиганском районе. Затем перешёл на комсомольскую работу: первый секретарь Жиганского райкома комсомола, заведующий отделом комсомольских органов Якутского обкома комсомола, первый секретарь Якутского городского комитета комсомола.

Член КПСС с 1963 года до её запрещения в августе 1991 года.
С 1969 по 1971 годы учился в Высшей партийной школе при ЦК КПСС.
С 1975 по 1979 гг. — заместитель Председателя Совета Министров ЯАССР.
С 1979 по 1985 гг. — министр сельского хозяйства республики. Это был период, когда республика вышла на передовые позиции в Российской Федерации по производству сельскохозяйственных продукций, предприняты новые и смелые начинания в луговодстве, семеноводстве и по другим направлениям.

С 1985 по 1989 гг. — секретарь Якутского обкома КПСС, курировал вопросы агропромышленного комплекса.

В декабре 1989 г. был избран Председателем Президиума Верховного Совета ЯАССР.
В апреле 1990 г. избран Председателем Верховного Совета республики. Депутат Верховного Совета ЯАССР IX—XI созывов и народный депутат Якутии XII созыва.
20 декабря 1991 г. избран первым Президентом Якутии. 16 января 1992 года М. Е. Николаев одновременно возглавил и правительство республики. 27 декабря 1991 года Якутская-Саха Советская Социалистическая Республика была переименована в Республику Саха (Якутия).
В 1996 году переизбран на второй срок.
Член Совета Федерации первого и второго созывов. 28 января 2002 года назначен представителем в Совете Федерации Федерального Собрания Российской Федерации от Правительства Республики Саха (Якутия). Избран заместителем Председателя Совета Федерации. В феврале 2007 года Президент Республики Саха (Якутия) В. А. Штыров вновь назначил М. Е. Николаева представителем Правительства Республики Саха (Якутия) в Совете Федерации. Член Комитета Совета Федерации по социальной политике, член Комиссии Совета Федерации по контролю за обеспечением деятельности Совета Федерации.
В декабре 2011 года избран депутатом Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации VI созыва от «Единой России». Член комитета Государственной Думы по региональной политике и проблемам Севера и Дальнего Востока.
Решением Главы республики Егора Борисова от 31 октября Михаил Николаев в связи с истечением полномочий депутата Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации назначен Государственным советником Республики Саха (Якутии).
Также является руководителем ряда общественных организаций. Президент Международного общественного движения «Восточное измерение», президент Национального общественного комитета «Российская семья».