В 1898 году, по рекомендации Я. Ф. Барабаша, Крафт был переведён на работу в Санкт-Петербург, в Министерство Внутренних дел. Вначале Иван Иванович занимал должность старшего помощника делопроизводителя Земского отдела, затем служил начальником отдела по инородческим делам, с 1906 года — советником по особым поручениям по сельским делам.